Giai đoạn đầu

Toni bắt đầu sự nghiệp ở Modena. Sau đó là một quãng thời gian anh chơi ở Serie B và Serie C cho các CLB như Empoli, Fiorenzuola và Lodigiani. Sau một mùa giải chơi ở Serie B cùng Treviso năm 1999, anh chuyển tới Vicenza Calcio, chơi ở Serie A lần đầu tiên. Sau đó anh chuyển tới Brescia Calcio, chơi 2 mùa cùng Roberto Baggio.

Palermo

Vào năm 2003 anh đồng ý chuyển tới Palermo. Anh trở thành một trong những nhân tố chủ chốt giúp CLB trở lại Serie A sau hơn 30 năm, với việc ghi 30 bàn trong mùa giải. Do đó anh có trận đấu đầu tiên cho đội tuyển bóng đá quốc gia Ý trong trận giao hữu thua Iceland 2-0 vào 18 tháng 4 năm 2004 ở Reykjavík, đây cũng đánh dấu trận đầu tiên của Marcello Lippi năm quyền[1].

Trong mùa tiếp đó, Luca Toni ghi 20 bàn trong mùa giải đầu tiên của Palermo ở Serie A, giúp cho đội bóng lần đầu tiên đá ở UEFA Cup.

Fiorentina

Vào năm 2005, Toni đã được chủ của Palermo, Maurizio Zamparini, bán cho Fiorentina với mức giá 10 triệu Euro với sự ra đi đầy tranh cãi và đã gây ra sự mâu thuẫn giữa cầu thủ và cổ động viên đội bóng.

Anh giúp Fiorentina được đá vòng sơ loại Champions League sau khi về đích ở vị trí thứ 4 mặc dù vị trí này về sau đã bị hủy bỏ (bị trử 15 điểm cho mùa 2006/2007) do CLB dính líu đến vụ scandal dàn xếp tỉ số.

Vào 27 tháng 5 năm 2006, Toni ghi 31 bàn và giành danh hiệu vua phá lưới giải Serie A. Toni cũng trở thành cầu thủ đầu tiên ghi quá 30 bàn từ mùa giải 58/59. Mặc dù chỉ về đích ở vị trí thứ 3 sau Klaas-Jan Huntelaar và Kris Boyd nhưng Toni vẫn giành Chiếc giày vàng châu Âu.

Toni cho biết anh sẽ ở lại CLB thêm một mùa giải dù CLB dính phải vụ scandal. Anh ghi 16 bàn, giúp đội bóng được dự UEFA. Dù sao, mùa giải này anh cũng không thi đấu nhiều do dính phải chấn thương.

Bayern München

Vào 30 tháng 5 năm 2007, chủ tịch Bayern Munich Karl-Heinz Rummenigge xác nhân rằng Toni đã đến CLB với một bản hợp đồng 4 năm sau khi đồng ý mức phí 11 triệu euro với Fiorentina. Vào ngày 7 tháng 6 Luca Toni đã ra mắt đội bóng cùng tân binh Frank Ribery[2]. Toni đã được đeo áo số 9.

Toni ghi 4 bàn vào 19 tháng 12 ở sân nhà trong trận thắng Aris Thessaloniki giúp Bayern giành ngôi nhất bảng. Vào ngày 17 tháng 1 năm 2008, anh ghi cú hattrick đầu tiên ở Bundesliga (một cú hattrick hoàn hảo, bằng cả hai chân và đầu) khi tiếp Hannover 96. Bayern thắng 3-0.

Trong trận tứ kết lượt về ở UEFA, Toni ghi 2 bàn thắng tuyệt vời vào phút 115 và 120 ở hiệp phụ, trong trận đấu kết thúc với tỉ số 3-3 khi tiếp Getafe FC và Bayern đi tiếp nhờ luật bàn thắng sân khách. Mặc dù sau đó, Bayern Munich đã để thua Zenit Saint Petersburg ở bán kết. Ở cúp UEFA 07-08, anh cùng Pavel Pogrebnyak của Zenit chia nhau ngôi vị vua phá lưới với cùng 10 bàn.

Anh ghi 2 bàn ở chung kết cúp quốc gia Đức tiếp Borussia Dortmund trong trận thắng 2-1, pha ghi bàn thứ hai của ở hiệp phụ giúp Bayern Munich giành cúp. Toni kết thúc mùa giải với danh hiệu vua phá lưới Bundesliga với 24 bàn. Tổng cộng, Toni kết thúc mùa giải với 39 bàn thắng và 12 đường chuyền thành bàn qua 46 trận.

Trong mùa giải 2008-2009, Toni vẫn giữ được vai trò của mình ở Bayern. Anh đã ra sân 13 trận ở Bundesliga đến tháng 1, ghi 9 bàn, không đủ để giúp đội bóng giành chức vô địch mùa đông dù anh có ghi bàn vào lưới chính TSG Hoffenheim, đội bóng đã giành được danh hiệu này.[3]

Toni dính phải một chấn thương ở gân sau của gót chân và phải nghỉ thi đấu trong gần hết giai đoạn còn lại của mùa bóng 2008-09, nhưng vẫn trở thành cầu thủ ghi nhiều bàn thắng nhất cho Bayern tại Bundesliga với 14 bàn trong 25 trận.

AS Roma

Sau nhiều tuần đàm phán, câu lạc bộ đang thi đấu ở Serie A AS Roma đã có được Toni từ Bayern theo một bản hợp đồng cho mượn có thời hạn đến ngày 30 tháng 6 năm 2010.[4] Vài ngày sau, anh đã có buổi ra mắt các cổ động viên AS Roma với lời phát biểu:"Tôi sẽ nỗ lực hết mình trong màu áo AS Roma để giành 1 suất dự World Cup.[5]"

Toni có trận đầu tiên cho câu lạc bộ mới vào ngày 6 tháng 1 năm 2010 trong trận gặp Cagliari. Ngày 17 tháng 1, anh có được hai bàn thắng đầu tiên cho Roma khi lần lượt mở tỉ số và nâng tỉ số lên 2-0 trong thắng lợi 3-0 trước Genoa. Cả hai bàn thắng của Toni đều đến từ những đường chuyền của Mirko Vučinić.[6] Tuy nhiên, một tuần sau đó, trong trận thắng 2-1 trước Juventuc, anh bị dính chấn thương bắp chân và phải được thay ra giữa chừng bằng Francesco Totti. Theo dự đoán thì anh phải nghỉ thi đấu khoảng 1 tháng.

Luca Toni đánh dấu sự trở lại bằng bàn thắng vào lưới Livorno ngày 15 tháng 3.[7] Ngày 28 tháng 3, bằng một pha dứt điểm tinh tế, anh đã ấn định chiến thắng 2-1 trước Inter Milan, qua đó giúp Roma thu hẹp khoảng cách với chính Inter xuống còn vỏn vẹn 1 điểm.[8]

Genoa

Ngày 1 tháng 7 năm 2010, Toni đã ra mắt câu lạc bộ mới Genoa. Anh gia nhập Genoa theo hình thức chuyển nhượng tự do sau khi được Bayern Munich giải phóng hợp đồng và khoác áo số 9, số áo từng thuộc về Hernán Crespo ở mùa giải trước.[9] Bản hợp đồng giữa Toni và Genoa kéo dài trong 2 năm và lương của anh là 4 triệu € mỗi mùa.[10] Tại Genoa, Toni ghi được 3 bàn trong 16 trận.[11]

Juventus

Ngày 8 tháng 1 năm 2011, Toni đã chuyển đến thi đấu cho Juventus theo bản hợp đồng có thời hạn 18 tháng.[12] Ngày 6 tháng 2, anh ghi bàn thắng đầu tiên cho Juventus trong chiến thắng 3-1 trước Cagliari và đây cũng là bàn thắng thứ 100 của anh ở Serie A.[13]